Bergen befindet sich in zentraler Lage von Deutschlands größter Insel Rügen. Die Stadt liegt in hügeligem Gebiet, unmittelbar am nordöstlichen Stadtrand erreicht der Rugard eine Höhe von 91 m ü. NN. Das Gebiet um Bergen ist weitgehend landwirtschaftlich geprägt. Der Ort selbst liegt auf einer Anhöhe, die während der letzten Eiszeit beim Rückzug des Eises entstand.
Die Ursprünge des Namens sind auf das Jahre 1232 zurückzuführen. Zu dieser Zeit war es, dass auf Rügen ein Ort Gora = Berg genannt wurde, welcher der polabischen Sprache der Ranen entsprang. Die Roeskilder Matrikel von 1294 erwähnte den Ort als Villa Berghe und 1278 schrieb man Berghe, 1302 dann Bergh in Ruya und 1306 Berghen. Im Jahr 1314 wurde Bergen unter dem Namen villa montis urkundlich erwähnt.
Bergen blickt auf eine über 1000-jährige Geschichte zurück. Erste Siedlungen auf dem heutigen Gebiet Bergens sind jedoch schon deutlich älter. Der auffälligste Beweis dafür ist die Marienkirche südlich des Marktplatzes.
Bald nach dem Fall der Tempelburg Arkona 1168 wurde mit dem Bau der Marienkirche als Palastkirche des Rügenfürsten Jaromar I. begonnen. 1193 wurde die bereits bis auf das Westwerk fertiggestellte und geweihte Kirche einem Zisterzienserinnenkonvent übergeben.
Bis in das 15. Jahrhundert hinein blieb Bergen unter Führung des Klosters. Stadtbrände wie der von 1445 vernichteten fast den ganzen Ort, das Kloster und Teile der Kirche.
Durch eine Beschlussfassung des Landtages zu Treptow 1534 wurde die Reformation in Pommern eingeführt. Das Kloster ging in den Besitz des pommerschen Herzoges über.
Erst 1613 erfolgte die Verleihung des Stadtrechts. Der Dreißigjährige Krieg sollte ab 1628 auch für Bergen eine leidvolle Zeit mit sich bringen. Krieg und Pest ließen die Einwohnerzahl auf 400 schrumpfen. 1690 und 1726 brennen wieder viele Häuser und das Ratsarchiv nieder.
Erste handwerkliche Unternehmen entstanden erst in den Jahren 1823 und 1853, als hier Lederfabriken ihre Arbeit aufnahmen. 1883 erreichten die ersten Züge den Bahnhof Bergen aus Altefähr kommend. 1890 nahm die Molkerei die Arbeit auf und 1891 folgte die Errichtung des Postgebäudes am Markt. Landratsamt, Amtsgericht, Zoll- und Steueramt folgen. Als dann in den Jahren 1898 und 1899 das Wasser- und das Elektrizitätswerk in Betrieb genommen wurden, verfügte Bergen über eine einer Kreisstadt würdige Infrastruktur.
Zum Ende des Zweiten Weltkriegs wurde Rügen ab dem 4. Mai 1945 kampflos von der Rote Armee besetzt.
Nach Gründung der DDR 1949 wurde die Industrialisierung vorangetrieben. 1952 begann am westlichen Stadtrand der Bau des Industriegeländes. 1953/58 entstand die Molkerei, die täglich 300 t Milch verarbeitete, und 1955/56 der VEB Brot- und Backwaren. 1957/58 nahmen Schlachthof und Fleischwarenfabrik die Produktion auf. Eine leistungsfähige Nahrungsgüterindustrie entstand in Bergen, welche die Insel und Teile des Festlandes versorgte. Von 1965 bis 1988 entstand die großen Wohngebiet Süd mit 1923 Wohnungen und Rotensee mit 2464 Wohnungen in Plattenbauweise.
Nach der politischen Wende wurde ab 1991 der historische Stadtkern und ab 1995 die Großwohnsiedlung Rotensee im Rahmen der Städtebauförderung gründlich saniert, das Stadtbild Bergens hat sich positiv verändert. Die Bevölkerung schrumpfte von fast 20.000 Einwohnern auf nunmehr rund 14.700. Die Neubauviertel wurden modernisiert und den neuen Anforderungen angepasst. Ferner wurden einige Schulen geschlossen und neue Hotels errichtet.