Die Flüsse Werra, Fulda und Weser haben sich tief in den aus Buntsandstein bestehenden Kaufunger Wald, Bramwald und Reinhardswald eingeschnitten. Diese Flusstäler sind ein charakteristisches Merkmal des Naturparks Münden. In diese größeren Flüsse münden viele kleine Flüsse und Bäche, die sich in schmalen Waldwiesentälern entlangschlängeln und durch ihre noch gut erhaltene oder wieder hergestellte Ursprünglichkeit zu einem besonderen Naturerlebnis einladen.
Der Bramwald
Im Nordwesten des Naturparks am östlichen Weseruferliegt der Bramwald. Dieser in in seiner Art einzigartige Wald beherbergt das Naturschutzgebiet Totenberg. Hier ist ein Gebiet von 90 Hektar als „Naturwald“ ausgewiesen - ein Areal, dass frei von menschlichen Eingriffen seinen natürlichen Wachstums- und Zerfallsphasen überlassen wird. Hier entsteht der Urwald von morgen. Der Schwarzstorch findet hier wieder Brutmöglichkeiten und in den Verbundsystemen des Flüsschens Nieme mit seinen Bachauen die für ihn notwendige Nahrungsgrundlage.
Dransfelder Hochebene
Richtung Osten schließt sich dem Bramwald die Dransfelder Hochebene an. Sie eröffnet dem Besucher die reizvolle Flora der Trocken- und Halbtrockenrasen mit ihrer Orchideenpracht, sowie artenreiche Kalkbuchenwälder. DieHochebene ist gleichzeitig die Wasserscheide zwischen Weser (Westen) und Leine (Osten). Auf ihrer höchsten Erhebung, dem Hohen Hagen, begann 1822 der Göttinger Mathematiker Carl Friedrich Gauss sein klassisches geodätisches Dreieck auszurichten.
Der Kaufunger Wald
Aufgrund der Landesgrenze zu Hessen gehört nur der nördliche Teil des Kaufunger Waldes zwischen Werra und Fulda zum Naturpark Münden. Mit 580 m ist der Haferberg die höchste Erhebung im Naturpark Münden. Das Hühnerfeldmoor, ursprünglich ein in diesen Breiten seltenes Hochmoor im Kaufunger Wald, ist seit 1968 ein 51 ha großes Naturschutzgebiet und eng mit der Gründungsgeschichte des Naturparks verknüpft. Der derzeitige Zustand des Kaufuner Waldes, sein Baum- und Tierbestand, ist das Ergebnis einer wechselvollen Geschichte von bäuerlicher und industrieller Nutzung. Eine nachhaltige Nutzung auch der Schutz- und Erholungsressourcen (Klima, Tier- und Pflanzenwelt etc.) des Waldes sind erklärte Maxime.