Seit Februar 1996 ist die gesamte Rostocker Heide Landschaftsschutzgebiet. Das Stadtforstamt Rostock ist untere Naturschutzbehörde für den Bereich der Rostocker Heide und für die forstliche Bewirtschaftung mit Beinhaltung wesentlicher Aspekte der Naturschutzarbeit zuständig. 1997 wurden in Zusammenarbeit mit dem Naturschutzbund Deutschland (NABU) Verbesserungen der Lebensbedingungen für Lurche und Kriechtiere an sechs Kleingewässern erreicht. Ehemalige Militärbunker konnten im Rahmen des KONVER-II-Programms zu Winterquartieren für Fledermäuse umgerüstet werden. Mehrere Krötenschutzzäune in Wiethagen, Hinrichshagen und Torfbrücke werden betreut, Heideflächen auf ehemals militärisch genutzen Flächen in den Revieren Hinrichshagen und Wiethagen werden gepflegt. Dem Lebensraum Totholz wird besonderes Augenmerk geschenkt,die Erhaltung bestimmter Biotoptypen bei Vorkommen bedrohter Arten wird gewährleistet. In der Rostocker Heide gibt es die Naturschutzgebiete Radelsee, Heiliger See/Hütelmoor und Schnatermann. Besondere Bäume werden als Naturdenkmale unter Schutz gestellt. Bei all diesen Tätigkeiten wird die Zusammenarbeit mit Umweltverbänden und -vereinen gesucht und genutzt.