Der Ort Trassenheide wurde erstmals 1786 im Kirchbuch von Krummin urkundlich erwähnt. Zunächst wird die Siedlung unter einer ganz anderen Bezeichnung geführt - „Hammelstall“.
Um Schafherden vor einer plötzlichen Überflutung durch die Ostsee zu schützen, errichtete man einen großen Schafstall, der dem Ort vorerst seinen Namen gab. Am 12. Dezember 1823 verfügte das königliche Finanzministerium die Gründung der Hering-/Fischerkolonie „Hammelstall“. 13 Fischer siedelten „in einer öden abgelegenen Strandgegend“, die im Besitz der Domäne Mölschow war.
Der Heringsfang fiel in den ersten Jahren gut aus und bescherte der Kolonie einen raschen Aufschwung. 1840 gab es bereits 138 Einwohner. Es folgten Jahre schlechter werdender Fangerträge. Fischer suchten nunmehr ihren Lebensunterhalt durch Vermietung an Sommer- und Feriengäste aufzubessern. 1908 erhielt die Kolonie auf Antrag den Namen „Trassenheide“.
Er geht zurück auf die nahegelegene Försterei „Trassenmoor“ und die angrenzende, mit Heidekraut bewachsene „Wilde Hütung“. 1905 kamen bereits erste Badegäste. 1928 wurde Trassenheide zur selbständigen Gemeinde ernannt. Die von der Deutschen Wehrmacht errichtete Heeresversuchsstation in Peenemünde warf auch ihre Schatten auf Trassenheide. Im August 1943 wurde der Ort von einem Bombenangriff, der Peenemünde galt, stark zerstört. Erst 1947 begann wieder der Badebetrieb. Mit dem Rückgang von Fischerei und Landwirtschaft gewann der Tourismus mehr und mehr an Bedeutung.