Der eutrophe Schweriner See ist bedeutsam für den Arten und Biotopschutz. Zu den Brutvögeln des Gebietes zählen beispielsweise See- und Fischadler. Fischotter konnten an vielen Gewässerufern bis in das Stadtgebiet Schwerin hinein nachgewiesen werden. Im Rahmen des europäischen Schutzgebietsnetzes Natura 2000 wurde der Schweriner See zum europäischen Vogelschutzgebiet (Schweriner Seen) erklärt. Neben dem Schweriner Außensee besitzen noch weitere Seeuferabschnitte (Döpe, Wald bei Wiligrad, Ramper Moor, Wickendorfer Moor, Görslower Ufer, Reppin) den Schutzstatus eines FFH-Gebietes (Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie).
Flora und Fauna in den Schweriner Seen
Die Pflanzen und Tierwelt der Schweriner Seen ist sehr artenreich, sowohl über, als auch unter Wasser. Im Schweriner Innensee findet sich der häufig vertretene, einheimische Flussbarsch, aber auch die, ehemals aus Amerika stammende, Regenbogenforelle an. Der Schweriner Innensee unterscheidet sich nicht allzu sehr von dem größeren Schweriner Außensee. Im Außensee jedoch ist die Gattung der Raubfische häufiger vertreten. Dazu gehören Hecht, Zander, Barsch und Aal. Weißfische dominieren in allen Gewässern. Zu den Weißfischen zählen Brasse, Rotfeder, Rotauge, Laube und viele mehr. Der fischärmste See ist der Ostorfer See. Durch die schlechte Wasserqualität ist es den Fischarten noch nicht gelungen, sich im größeren Bestand dort anzusiedeln. Die Pflanzenwelt ist ebenfalls sehr gut ausgeprägt. Sie ist wichtig für den Fischbestand. Raubfische nutzen Seerosenfelder, um Deckung zu finden und auf Weißfische jagt zu machen, für die das Seerosenfeld zur Nahrungssuche dient, denn dort sind Insekten, Schnecken, Algen und Plankton in besonders hoher Konzentration zu finden. Ansonsten sind die Seen reich besetzt mit Wasserpest, Hornblatt und Wasserfarn und anderen Wasserpflanzen.