Die Gegend von Wolgast gehörte zum slawischen Siedlungsgebiet. Hier befand sich der Tempel des slawischen Gottes Jarovit. Der Tempel wurde im Zuge der deutschen Ostkolonisation durch Bischof Otto von Bamberg im Jahre 1128 zerstört. Er legte vermutlich an dieser Stelle die St. Petri Kirche an. Wolgast wurde urkundlich erstmals im Jahr 1123 als eine Handels- und Zollstelle erwähnt und erhielt 1282 das Lübische Stadtrecht.
Von 1296 bis 1625 war die Stadt nach der Teilung des Herzogtums Pommerns in Pommern-Stettin und Pommern-Wolgast Sitz der Herzöge der Wolgaster Linie. Es existierte ein großes Schloss, wovon heute noch die Bezeichnung „Schlossinsel“ für den entsprechenden Teil der Stadt zeugt. Sehenswert aus dieser Zeit sind die Petrikirche mit der herzoglichen Gruft und die Gertrudenkapelle auf dem alten Friedhof, ein architektonisches Kleinod.
Wolgast war Mitglied der Hanse, innerhalb dieses Städtebundes jedoch nie von größerer Bedeutung. Der schwedische König Gustav II. Adolf landete im Dreißigjährigen Krieg mit seiner Armee unweit des Stadtgebietes. Ebenso erfolgte nach seinem Tod die Rückführung seines Leichnams nach Schweden von Wolgast aus.
Vom Ende des Dreißigjährigen Krieges 1648 bis zum Wiener Kongress 1815 befand sich die Stadt, wie das gesamte Gebiet Vorpommerns, unter schwedischer Herrschaft und versank in die Bedeutungslosigkeit, profitierte aber von den Zoll- und Steuervergünstigungen. Das herzogliche Schloss verfiel und wurde als Baumaterial für innerstädtische Häuser verwandt. Im Jahr 1713 ließ der russische Zar Peter I. die Stadt im Großen Nordischen Krieg niederbrennen. Dabei wurde das Residenzschloss endgültig und große Teile der Stadt fast völlig zerstört. Seit dem Ende des 18. Jahrhunderts kam es zu neuem Aufschwung durch Handel und Industrie. Es entstanden Speicher- und Handelshäuser.
Besonders sehenswert als gut erhaltene Fachwerkbauten waren die beiden großen Getreidespeicher am Stadthafen, der eine aus dem Jahr 1836. In ihnen sollen die letzten Steine des Schlosses verbaut sein. Der in unmittelbarer Nähe zur Peene-Werft stehende Speicher wurde jedoch in der Nacht vom 6. zum 7. Juni 2006 durch einen, durch Brandstiftung erzeugten, Großbrand vollständig zerstört. Die Weltkriege überstand Wolgast ohne nennenswerte Zerstörungen. Dies ist vor allem auf die kampflose Übergabe der Stadt im Zweiten Weltkrieg am 30. April 1945 zurückzuführen.